Il établit le bilan détaillé de l'état de santé d'une rivière ou de l'ensemble des cours d'eau d'un territoire donné. Il évalue la qualité des eaux, diagnostique l'importance des pollutions et leur provenance, recense la pollution piscicole, détermine quelles espèces animales et végétales, notamment quels micro-organismes, sont présents sur les berges. Il rédige rapports et études, et fait des propositions soit ponctuelles soit dans le cadre d'un plan d'ensemble, pour améliorer la situation, repeupler une rivière ou lutter contre les prélèvements excessifs. Il peut ensuite assurer la coordination du suivi et l'évaluation des travaux.