Il a pour mission d'assister les exploitants agricoles qui désirent passer à l'agriculture biologique en établissant avec eux un plan de reconversion. Il va également contrôler les exploitants ayant déjà obtenu le label "bio": contrôle du cahier des charges, de la production... Faisant office à la fois de technicien, de méthodologue et de pédagogue, il doit être en mesure d'effectuer le diagnostique, l'évaluation et le suivi d'un projet en prenant en compte tous les impacts de celui-ci (sociaux, environnementaux, économiques...). Il intervient également pour la formation de tous les acteurs concernés par l'agriculture biologique.