Il assure et organise le fonctionnement de la station. Il définit les procédures à mettre en oeuvre, telles que les prélèvements et analyses chimiques à effectuer quotidiennement afin d'avoir une idée précise et complète de la bonne marche des opérations de traitement. Il veille à la modernisation des équipements, à l'évolution des techniques de traitement avec notamment le développement des biotechnologies, les possibilités de valorisation des boues résiduelles, etc.