L’ingénieur hydrobiologiste effectue le bilan détaillé et le diagnostic de l’état biologique des milieux aquatiques (cours d’eau, ruisseaux, rivières ou plans d’eau). Il contribue éventuellement au recensement des pollutions, des nuisances et, plus généralement, des usages et pratiques qui ont une incidence sur la faune et la flore aquatiques. Sur ces bases, il est en mesure de proposer aux services et décideurs des objectifs d’amélioration de la qualité biologique des eaux, ainsi que les mesures pour les atteindre, dans le cadre des règlements en vigueur et des moyens disponibles. Il s’agit d’un rôle d’étude et de suivi de programme dont le contenu, déterminé par l’organisme employeur, peut être assez différent d’un poste à l’autre. Le métier d’hydrobiologiste peut s’exercer de différentes manières en fonction même des structures où il est exercé. On peut regrouper cinq catégories : organismes de recherche, collectivités, établissements publics, bureaux d’études et structures associatives. À chacune d’entre elles, son orientation, ses finalités, sa méthode de travail. Les fonctions d’encadrement de l’hydrobiologiste s’articulent autour de son rôle d'étude et de suivi de programme en trois grandes phases : • planification et programmation des campagnes d’étude, en sélectionnant les objectifs prioritaires • participation éventuelle aux opérations de terrain et de traitement • synthèse et valorisation des résultats et des données en veillant à une mise en forme accessible et attractive, développant les arguments écologiques, juridiques ou socio-économiques, pour la prise en compte des enjeux des milieux aquatiques dans les démarches de politique de gestion (département, région, bassin...) ou dans les projets d’aménagements locaux (station d’épuration, gestion hydraulique, pratiques agricoles, etc.).